L'UVER trova la sua origine nel "Gruppo di Esperti" composto da 15 unità, costituito nel 1980, la cui attività operativa era essenzialmente diretta ad accelerare l'effettiva realizzazione dei programmi di investimenti pubblici.
Nel 1984 il Parlamento regola la composizione e l'attività del Gruppo che assume la denominazione di "Nucleo Ispettivo" alle dirette dipendenze del Ministro del Bilancio e della Programmazione Economica, con il compito di procedere alla verifica dell'attuazione dei programmi di investimenti gestiti dalle Amministrazioni Pubbliche, dagli Enti territoriali e dagli Enti pubblici in genere.
Nel 1986 il Nucleo Ispettivo assume nuovi compiti riguardanti in particolare le verifiche sullo stato di attuazione degli investimenti nelle aree depresse del territorio nazionale. Inoltre, nel 1994 il "Regolamento recante norme sulla riorganizzazione del Ministero del bilancio e della programmazione economica" stabilisce che "il Nucleo ispettivo per la verifica dell'attuazione dei programmi e degli investimenti pubblici provvede alla verifica dell'attuazione dei programmi e dei progetti di investimento delle amministrazioni, degli enti e dei soggetti operanti con finanziamenti pubblici e propone le conseguenti iniziative da adottare" (art. 11).
Nel 1997, con la fusione dei Ministeri del Tesoro e del Bilancio, viene istituito il Nucleo tecnico di valutazione e verifica degli investimenti pubblici, che unifica le strutture preesistenti (Nucleo di valutazione e del Nucleo ispettivo del Ministero del Bilancio) e le colloca alla dipendenza, non più dell'autorità politica, ma di quella incaricata della gestione del processo di finanziamento ed attuazione dei programmi e dei progetti di investimenti pubblici, ovvero del Capo del Dipartimento per le Politiche di Sviluppo e di Coesione.
L'anno successivo il D.P.R. 20 febbraio 1998, n.38 (doc, 29 Kb) "Regolamento recante le attribuzioni dei Dipartimenti" delinea con chiarezza un mandato specifico per l'UVER, tale da aderire alle effettive esigenze provenienti dal territorio e alle priorità strategiche del DPS.
Su questa normativa si è basato il decreto del Capo del Dipartimento del 7 maggio 2003 che, anche attraverso la riorganizzazione interna dell'Unità nelle tre aree operative Verifica dei progetti, Monitoraggio e statistica e Valutazione di efficacia, ha dato nuovo impulso all’UVER orientandolo verso il pieno sviluppo del proprio ruolo di strumento di conoscenza operativa della complessa realtà dei programmi di investimento nel territorio.
Il trasferimento del DPS, dal Ministero dell’Economia e delle Finanze al Ministero dello Sviluppo Economico, (d.l. n. 181/06, convertito l. n. 233/06) ha reso necessaria una riorganizzazione delle strutture di livello non generale del Ministero. Nella citata riorganizzazione, attuata tramite il D.M. 7 maggio 2009, il Legislatore ha confermato ed ampliato il mandato dell'Unità di Verifica degli Investimenti Pubblici (UVER) indirizzandolo particolarmente ai programmi comunitari e agli Accordi di Programma Quadro e affidandogli il compito di promuovere iniziative per rimuovere gli ostacoli all'attuazione delle opere e all'accelerazione della spesa.